Il convento delle Clarisse sorse in stretta connessione con la chiesa del Rosario in un’area contigua alla collegiata di S. Maria e al centro amministrativo dell’Ozieri di allora, ma che a sud era già periferia. Inaugurato ufficialmente nel 1753, venne ospitato inizialmente nella casa di un Don Gaspare Grixoni, cui si aggiunsero “due case basse” e porzioni di un orto acquistato dalla confraternita del Rosario. Con questa il monastero condivise l’uso della chiesa con la stessa intitolazione. Sorse infine il nuovo convento, invero avversato dagli altri ordini religiosi presenti ad Ozieri. Inglobò le precedenti costruzioni e venne realizzato con il concorso di lasciti privati, del comune e della casa reale, che tuttavia ne sottopose la fondazione al pronunciamento popolare e a condizione che il sostentamento delle religiose non gravasse sulla città.
Inizialmente si invitarono ad occuparlo le Clarisse di Tempio. Vi si trasferirono invece le monache di Orosei a causa dell’indigenza in cui versavano.
Il convento assurse a gran fama nel 1800, vero luogo di pellegrinaggio di tutte le classi sociali, a causa della presenza di una monaca, tal Rosa Serra, ritenuta in odore di santità e con le stigmate; ma venne smascherata dal probo vescovo Atzei che pose fine alla vicenda.
Requisito in seguito per gli effetti della legge Rattazzi, risulta ancora occupato dalle monache nel 1884, quando il comune ne chiede la cessione all’ordine per adibire il complesso a scuola. La richiesta viene ripetuta nel 1889 per ospitare i militari che vi insediarono la caserma Pietro Micca.
Dimessa l’occupazione militare nel 1953, l’anno successivo in parte venne riaffilato alla chiesa. Nella parte rimasta in proprietà al comune, trovano ospitalità attività scolastiche e sociali. Accoglie infine senza tetto ed extracomunitari. Dichiarato pericolante, con un finanziamento regionale si restaura l’intero complesso e lo si destina a nuova sede museale civica